ну например для linux можно все сделать гораздо проще. Свалить все файлики в одну папку, и в этой папке перегнать все через ffmpeg
Код: выделить все $ for i in *.mkv; do ffmpeg -i "$i" -i "${i%.mkv}.mka" -map 0:0 -map 1:0 -map 0:1 -c copy "${i%.mkv}_rus.mkv"; done |
В итоге видео и аудио просто копируются, без пережимания, и внешняя дорожка становится первым треком, а старая оригинальная становится второй. За минуты 3 имеем все 24 серии с двумя треками.