В первые две без разницы, по-моему, на какой платформе играть, особенно если они русифицированы. Третья, которая для SNES и GBA, в портативной версии несколько отличается, кое-что поправили, где-то улучшили, чуть облегчили. А ещё она взаимодействует с сохранением от Four Swords, если вдруг решите проходить последнюю.
На чём запускать, по-моему, всё равно, если только не гнаться за идеальной точностью эмуляции, а просто наслаждаться игрой. Лично я предпочитаю
RetroArch - под одной оболочкой собрана целая коллекция ядер-эмуляторов, которые до сих пор получают обновления. Но если интерфейс не понравится, то попробуйте другие, пусть и давно заброшенные, но вполне рабочие
homebrew-эмуляторы.