Для отбора предлагаемых в Firefox провайдеров DoH сформулированы
требования к заслуживающим доверие DNS-резолверам, в соответствии с которыми DNS-оператор может использовать получаемые для резолвинга данные только для обеспечения работы сервиса, не должен хранить логи дольше 24 часов, не может передавать данные третьим лицам и обязан раскрывать сведения о методах обработки данных. Сервис также должен дать обязательства не цензурировать, не фильтровать, не вмешиваться и не блокировать DNS-трафик, за исключением ситуаций, предусмотренным законодательством.
Применять DoH следует с осторожностью. Например, в РФ IP-адреса 104.16.248.249 и 104.16.249.249, связанные с предлагаемым по умолчанию в Firefox DoH-сервером mozilla.cloudflare-dns.com, занесены в
списки блокировки Роскомнадзора по требованию суда г. Ставрополя от 10.06.2013. Применение DoH также может привести к проблемам в таких областях, как системы родительского контроля, доступ к внутренним пространствам имён в корпоративных системах, выбор маршрутов в системах оптимизации доставки контента и выполнение судебных предписаний в области противодействия распространению нелегального контента и эксплуатации несовершеннолетних. Для обхода подобных проблем реализована и протестирована система проверок, автоматически отключающих DoH при определённых условиях.
Для определения корпоративных резолверов выполняются проверки нетипичных доменов первого уровня (TLD) и возвращение системным резолвером интранет-адресов. Для определения включения родительского контроля осуществляется попытка резолвинга имени exampleadultsite.com и если результат не совпадает с фактическим IP, считается, что активна блокировка взрослого контента на уровне DNS. В качестве признаков также проверяются IP-адреса Google и YouTube на предмет их подмены на restrict.youtube.com, forcesafesearch.google.com и restrictmoderate.youtube.com. Данные проверки дают возможность атакующим, контролирующим работу резолвера или способным вмешаться в трафик, симулировать подобное поведение для отключения шифрования DNS-трафика.
Работа через единый DoH-сервис также потенциально может привести к проблемам с оптимизацией трафика в сетях доставки контента, которые выполняют балансировку трафика с использованием DNS (DNS-сервер CDN-сети формирует ответ, учитывая адрес резолвера и выдаёт ближайший хост для получения контента). Отправка DNS-запроса c ближайшего к пользователю резолвера в таких CDN приводит к возврату адреса ближайшего к пользователю хоста, но при отправке DNS-запроса с централизованного резолвера будет выдан адрес хоста, ближайший к серверу DNS-over-HTTPS. Тестирование на практике показало, что применение DNS-over-HTTP при использовании CDN практически не приводило к задержкам перед началом передачи контента (для быстрых соединений задержки не превышали 10 миллисекунд, а на медленных каналах связи наблюдалось даже ускорение работы). Для передачи резолверу CDN сведения о местоположении клиента также было рассмотрено применение расширения EDNS Client Subnet.