Я не помню какие моды были в прошлой версии.
В английской версии, вообще не было модов в репаке. Вы их могли ставить самостоятельно, хотя в инструкции писалось, что только моды для ЛУ и то на ваш страх и риск.
Мод пак под добавлен в последний репак. Автоматически моды с него не ставятся, вы сам решаете после установки какие моды вам поставить и ставить ли вообще.
Если вы читали историю репаков, то увидите что в нем с первой версии ни чего не менялось кроме самого инсталлятора, к игре не было ни каких изменений.
Поэтому , если у вас стояли моды, то игра тут не причем.
все что могу посоветовать, играть в чистую игру , как рекомендовал автор мода, либо использовать сугубо моды под литкубу с раздела
http://forum.egosoft.com/viewtopic.php?t=380168.Либо только из мод пака
Из за того, что моды могут быть не совместимы может и возникнуть проблема с сейвами.
Могу порекомендовать только одно:
Начать новую игру чистую, либо со своими модами, либо с модами из модпака.
Если устанавливаете моды из модпака:
строго соблюдать последовательность. Если решили или забыли доустановить какой либо мод, необходимо все деактивировать и отметить повторно моды для установке.