Можно ли очистить эти папки ?

В папке Windows есть папки Installer и winsxs, они занимают очень много места.
Можно ли очистить эти папки ?

В принципе можно, но не без последствий. Как минимум, обновляться дальше станет невозможно и станет невозможным удаление ряда программ.