Режиссёру Георгию Данелия очень нравилась актёрская игра Борислава Брондукова, поэтому, когда он писал сценарий к фильму «Кин-дза-дза», он придумал роль специально для этого артиста. Однако, когда начались съёмки фильма, Брондуков перенёс инсульт и не мог сниматься. В результате герой, которого должен был исполнять Брондуков, был вообще ликвидирован из сценария.
Когда фильм был почти снят, к власти в СССР пришёл К. У. Черненко. Чтобы фильм не запретили, Данелия и Габриадзе решили переозвучить слово «Ку», которое совпадало с инициалами генерального секретаря ЦК КПСС, на какое-нибудь другое слово. Стали думать. Выдвигались варианты «Ка», «Ко», «Кы» и др. Пока думали, Черненко не стало. Так слово «Ку» осталось в фильме.
По сценарию Скрипач вёз не уксус, а чачу. Так, на Альфу вместо Земли герои в сценарии попали из-за того, что перепились и промахнулись. Когда фильм уже был снят, как раз развернулась антиалкогольная кампания и чачу заменили на уксус.
Песня «Мама, мама, что мы будем делать» звучит в начале и в конце фильма из телевизора в квартире дяди Вовы, по которому демонстрируется сцена из художественного фильма «Котовский» (1942). В этой сцене белогвардейские офицеры во время гражданской войны сидят в ресторане занятой ими Одессы и смотрят зажигательное выступление певицы, исполняющей эстрадные куплеты о весёлой и разгульной жизни одесситок («Одесситка — вот она какая, / Одесситка — пылкая, живая! / Одесситка пляшет и поёт, / Поцелуи раздаёт / Тем, кто весело живёт!»). В качестве припева к этим куплетам, мужской хор несколько раз исполняет отрывок из фольклорной песни беспризорников («Мама, мама, что мы будем делать, / Когда настанут зимни холода? / У тебя нет тёплого платочка, / У меня нет зимнего пальта!»). Композитором фильма «Котовский», согласно титрам, являлся Сергей Прокофьев. В ходе фильма дядя Вова играет на скрипке другую, более простую мелодию, предположительно, взятую из «Колыбельной» композитора И. Филиппа (Публиковалась в «Школе игры на фортепиано» под редакцией А. Николаева).
Cлово «ку» совпадает с португальским непристойным словом «cu», которое можно перевести как «задница» (употребляется для обозначения неприятного человека или события). Возможно, что именно благодаря этому
комедия «Кин-дза-дза!» в 1987 году получила специальный приз «За изобразительную концепцию» на фестивале в Рио-де-Жанейро.
На роль Абрадокса с планеты Альфа режиссёром был запланирован Норберт Кухинке, исполнявший роль иностранца в фильме «Осенний марафон» (1979), но руководство Мосфильма запретило снимать его из политических соображений. Поэтому эту роль сыграл сам режиссёр Георгий Данелия.
Песня «на речке, на речке, на том бережочке», которую поёт Уэф, когда его увозят в железном ящике на Плюке, звучит во всех фильмах Г. Данелии, где снимался Е. Леонов, начиная с «Тридцать три» (1965).
Эпизод, в котором герои в клетке поют «Мама, мама, что я буду делать», снимался под вращающейся сценой Театра Советской Армии.
Известный скрипач Гидон Кремер попросил композитора Гия Канчели написать пьесу для симфонического оркестра по мотивам музыки «Кин-дза-дза» и «Слёзы капали» (1982), что тот и сделал. Впервые получившуюся музыкальную пьесу исполнили в Германии под названием «Айне кляйне Данелиада» (Маленькая Данелиада). Пьеса была написана так, что по музыке оркестранты во время исполнения несколько раз должны пропеть «Ку», что они делают с большим удовольствием. На эту музыку в Вене был поставлен балет. Там «Ку» уже поёт женский хор.
Слово «пепелац» (искажённое грузинское «пепела») означает «бабочка». Такое название для летательного средства уже использовалось в фильме Г. Данелия «Мимино» (1977), где герой Вахтанга Кикабидзе — грузинский вертолётчик Валико Мизандари по прозвищу «Мимино» — так называл свой вертолёт (В ответ на просьбу старухи перевезти корову на вертолёте, Мимино стучит по вертолёту и кричит: «Пепела! Пепела!»).
Эскиз пепелаца нарисовал Георгий Данелия, когда он в Тбилиси вместе с Ревазом Габриадзе работал над написанием сценария к фильму. За несколько лет, в течение которых писался сценарий, всё много раз менялось, но именно такой пепелац появился позже в картине.
В фильме использовалось несколько пепелацев разного размера.
Пепелац, на котором летают герои фильма, делали Г. Данелия и художник-постановщик картины Теодор Тэжик. На свалке самолётов был найден самолёт Ту-104, от которого с большим трудом отрезали хвостовую часть. Затем поставили этот цилиндр в коллектор шестого павильона «Мосфильма», где Тэжик покрыл его пенополиуретаном и офактурил под ржавчину. А откидные двери, колеса и крутящийся винт смастерил А. С. Батынков — умелец с «Мосфильма».
Штука, которая внутри пепелаца крутится под потолком — это втулка несущего винта вертолёта.
Фильм должен был сниматься в пустыне Каракумы, однако произошла ошибка, и груз пепелацев, отправленный туда по железной дороге, потерялся в пути. По накладным его не нашли, так как в них было написано «груз пепелацы». Соответственно, железнодорожники, не зная, что такое пепелацы, не могли их отыскать. В результате директору «Мосфильма» пришлось подключать КГБ. Пепелацы были найдены лишь спустя полтора месяца во Владивостоке. Из-за этого происшествия фильм вместо запланированных в пустыне съёмок весной, снимался там летом в самую жару.
В первый же день, когда пепелац, наконец, привезли на съёмочную площадку и собрались снимать, художник-постановщик картины Тэжик сказал, что пепелац надо немного подкоптить, будет выглядеть достовернее. Зажег факел, начал коптить… и декорация загорелась. (Пенополиуретан является легковоспламеняющимся материалом). Кинулись тушить. Песком. Брезентом. Затушили. Но один бок прогорел. Лишь к ночи Тэжик и второй художник-постановщик А. Самулекин раздобыли полиуретан у военных и залатали пепелац. Чтобы заплатки не были видны, Тэжик его снова начал коптить. К счастью, в этот раз пепелац не загорелся. Для съёмок пустыня должна была быть в абсолютно девственном виде, без следов людей и машин. Но без людей и машин при съёмках обойтись невозможно. Например, для транспортировки пепелаца использовался трактор и платформа. Трактор при транспортировке грузов на съёмочную площадку всегда ехал вдоль бархана, а потом прямо на камеру. Затем перед камерой ставили пепелац и он закрывал собой все следы.
Один из актёров фильма — Леван Габриадзе (исполнитель роли скрипача) — после окончания съёмок взял себе на память 40-сантиметровый макет пепелаца.
В одном из телеинтервью Г. Данелия рассказал такую историю. Однажды на одном из кинофестивалей к нему подошёл один американский кинорежиссёр и сказал: — Я видел вашу «Кин-дза-дзу!». Потрясающе! У нас в Америке такие спецэффекты очень дороги. Не могли бы вы нам помочь со спецэффектами? — Какие спецэффекты? У нас там не было никаких спецэффектов. — изумился Данелия. — Ну, как же. У вас же там огромная ржавая бочка летает. Разве это не спецэффект? — Нет, конечно же. Нам в министерстве обороны дали гравицаппу и поэтому пепелац у нас в фильме летает. Напишите письмо в наше министерство — может они и вам дадут гравицаппу.
На роль Би пробовался Валентин Гафт.
Слово «эцих» (ящик для узников) — анаграмма грузинского слово «цихэ» (тюрьма).
В качестве литературной основы для фильма Данелия планировал взять роман Р. Л. Стивенсона «Остров сокровищ» и перенести его действие в космос. Во время поездки в Тбилиси Данелия поделился идеей фильма со своим другом — сценаристом Ревазо Габриадзе. Они начали её обсуждать, в результате чего основной сюжет сценария полностью изменился. Сам сценарий фильма писался Г. Данелией и Р. Габриадзе несколько месяцев. Многое из него по тем или иным причинам не вошло в фильм (пачка со всеми вариантами сценария весила около 5 кг). Кроме того, сценарий уточнялся, дописывался и переписывался непосредственно во время съёмок фильма.
Как рассказывал Георгий Данелия: «Министр кино Камшалов лишь четверть сценария осилил. Сказал: „Если б не твое имя, я бы эту фигню сразу выкинул!“ Но добро на съёмки дал: привык, что у меня часто в сценарии одно, а на экране другое. Лишь предупредил: „Чтоб без антисоветчины, впрочем, я ее все равно вырежу…“ Тут он ошибся: фильм вышел в совсем иное время, при другом министре..»
Предполагалось, что Леонид Ярмольник сыграет инопланетянина, спекулирующего космической пылью, но в фильм этот персонаж из сценария не попал.
Для съёмок сцен в квартире Машкова директор картины Николай Гаро предоставил собственную квартиру.
Сцены в пустыне снимались в Туркмении в пустыне Каракумы недалеко от города Небит-Даг в Барсакельмесе.
Сцены встречи с контрабандистами снимались на заброшенном заводе в Черёмушках.
Перед съёмками фильма художниками по костюмам было сделано большое количество эскизов, однако изготовить по ним костюмы не удалось, так как в это время снимался исторический фильм С. Бондарчука «Борис Годунов» и пошивочный цех «Мосфильма» оказался перегружен. В итоге, костюмы к фильму делались Светланой Кахишвили, Георгием Данелией, Теодором Тэжиком и другими членами съёмочной группы из подручных материалов.
Главным костюмом на планете Плюк стало тёплое нижнее бельё (майки и кальсоны) фирмы «Заря», которое обесцвечивали в хлорке, а ворс местами выжигали. Также большое количество костюмов для персонажей фильма было изготовлено из деталей старых лётных костюмов (пружинок, подушечек, тесёмок, сеточек, металлических колечек, нейлоновых мешочков, молний и пр.). Так, пружинки носили во рту эцилопы, подушечки были прикреплены к задам инопланетянок. Нейлоновые мешочки были надеты на ноги пацаков и перевязаны тесёмками, а на голову им были надеты лямочки от лётного костюма. Остальные детали инопланетных костюмов набирались в костюмерной «Мосфильма» и на помойках в пустыне Каракумы, где снимался фильм.
Для сцены в объекте «Торговый зал» для шлемов эцилоппов требовалось двести ярких лампочек, которые отсутствовали на складе Мосфильма, а купить их за наличные было запрещено. Режиссёр Данелия в поисках лампочек обращался за помощью к первому секретарю Московского горкома КПСС Виктору Гришину, который ему не помог. После увольнения Гришина в 1985 году, Данелия обратился к новому первому секретарю Московского горкома КПСС Борису Ельцину, которому сказал, что Гришина сняли с должности именно из-за лампочек. В результате помощники Ельцина занимались поиском этих лампочек для костюмов эцилоппов. Лампочки в итоге достал сотрудник аппарата ЦК КПСС Леон Оников.
Внимание! Дальнейший список фактов о фильме содержит спойлеры. Будьте осторожны.В фильме чатланин с транклюкатором после фразы «Я скажу всем, до чего довёл планету этот фигляр ПЖ! Пацаки чатланам на голову сели!» просто уходит по пустыне вдаль. Вновь он появляется в фильме лишь в сцене, где герои открывают эцих. В сценарии его роль более развёрнута. Там его звали Кырр и он, разозлившись на наглых пацаков, из-за которых ему пришлось выстрелить в шар с «последним выдохом» его собственного отца, ушёл из заброшенного катера в город, чтобы транклюкировать доведшего до этого планету господина ПЖ. В городе он взорвал шар с «последним выдохом господина ПЖ», устроил революцию и захватил власть. После чего, его все стали называть «папа Кырр». В сцене с «последним эцихом» герои встречаются уже не с Кырром, а с господином ПЖ, которого посадили в железный ящик.
Впервые, ещё до окончания съёмок, сценарий фильма был частично опубликован в журнале «Советский экран» в 1985 году, в 2003 году в сеть попал уже полный текст одного из вариантов литературного сценария фильма. Сюжетная линия в литературном сценарии и в фильме в целом схожи, но в ряде мест они сильно различаются. Например, в сценарии на Плюке имеется третья раса — фитюльки. Предполагалось, что в фильме фитюльки будут анимационными, однако от них пришлось отказаться из-за отсутствия соответствующих технологий.
(Голосов: 
