Небольшое различие есть, см. параметр NVOP и Duplicate Frame, а вот влияет ли это он как-то в Вашем случае - надеюсь что вряд ли, этот параметр в таком виде не должен так влиять (на первых бытовых DVD плеерах, поддерживающих MPEG-4 DivX/Vxid, с некоторыми определенными чипсетами, были проблемы с этим параметром, но там негативно влиял PB - Packed Bitstream, а не DF), но Вам на месте проще разобраться, попробуйте сравнить этот параметр с другими файлами, где есть проблема и где её нет, вдруг будет четко прослеживаться аналогия, что позволит предполагать что это именно то что Вы ищете и что подозреваете как возможную причину Ваших проблем.